Физиолошка микрофлора и микробиота
Људско тело није стерилно — на кожи, слузокожама и у цревима живе милијарде микроорганизама. Та заједница се назива микробиота (раније „физиолошка“ или „нормална“ микрофлора). У њу спадају бактерије, гљивице, вируси и други микроорганизми који са човеком углавном живе у равнотежи и без изазивања болести. Највише микроорганизама налази се:
- на кожи,
- у усној дупљи,
- у носу и ждрелу,
- у цревима,
- у деловима урогениталног система.
Микробиота коже и слузокожа
Кожа је важна заштитна баријера. На њој нормално живе бактерије које спречавају насељавање опасних микроба и помажу локалном имунитету.
У усној дупљи постоји велики број различитих микроорганизама који учествују у одржавању равнотеже. Када се та равнотежа поремети, могу настати каријес, упала десни и друге болести.
У носу и ждрелу понекад се налазе и потенцијално патогене бактерије, као што су:
- Streptococcus pneumoniae,
- Haemophilus influenzae,
- бета-хемолитички стрептококи.
Вагинална микробиота
Код жена доминирају Lactobacillus бактерије. Оне стварају киселу средину која штити од прекомерног размножавања других микроорганизама. Гљивица Candida може бити нормалан део вагиналне микробиоте, али и узрок инфекције.
Цревна микробиота
Цревна микробиота има огроман значај за:
- варење хране,
- стварање витамина (нпр. витамин К и неки витамини Б групе),
- развој имунитета,
- заштиту од штетних микроорганизама.
Микробиота је важан „савезник“ имунског система. Она помаже организму да препозна опасне микроорганизме и спречава њихово насељавање.
Поремећај нормалне микробиоте, такозвана дисбиоза, може бити повезан са:
- инфекцијама,
- болестима црева,
- алергијама,
- метаболичким и неким аутоимуним болестима.
Важно је разликовати ова два појма:
- Колонизација значи да микроорганизам постоји у организму, али не изазива болест нити симптоме.
- Инфекција настаје када микроорганизам продре у ткиво, размножава се и изазове оштећење и запаљење.

